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Im Dezember 1938 trat Werner Sylten in den Dienst des „Büros Pfarrer Grüber“ in Berlin. Diese zentrale evangelische Hilfsstelle für Christen jüdischer Herkunft half Betroffenen bei der Ausreise aus Deutschland, suchte ihre materiellen Nöte zu mindern, bemühte sich um Heimplätze für Alte und Kranke, leistete seelsorgerliche Betreuung und sorgte für die Beschulung von Kindern und Jugendlichen. Sylten war zunächst für die Seelsorgeabteilung zuständig und wurde später Heinrich Grübers Stellvertreter. Seit Grüber ab November 1939 wieder verstärkt in seinem Berliner Pfarramt tätig war, wurde das Büro faktisch von Sylten geleitet.
Wie Werner Sylten auch war der Großteil der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter im „Büro Pfarrer Grüber“ selbst von den Nürnberger Gesetzen betroffen. Um andere Menschen in Sicherheit zu bringen, verzichteten viele von ihnen zunächst auf die eigene Rettung. So schlug auch Sylten als selbst Gefährdeter ein Visum aus, das ihm die Ausreise nach England ermöglicht hätte. Er war der Meinung, es gebe dringendere Fälle als seinen. Im März 1940 konnte er in Köpenick ein Haus in der Lessingstr. 19 (heute Ostdorfstraße) mieten und seine Söhne und seine Lebensgefährtin Brunhilde Lehder zu sich holen. In Köpenick-Wendenschloss bei Berlin erlebte er zum letzten Mal ein Jahr mit seiner Familie.
Ende 1940 wurde Heinrich Grüber verhaftet. Das „Büro Pfarrer Grüber“ wurde Anfang 1941 von der Gestapo geschlossen. Sylten wurde mit der Abwicklung des Büros beauftragt. Er hoffte jedoch, seine karitativ-seelsorgerliche Tätigkeit für die Verfolgten fortsetzen zu können, und wollte dazu ein neues Hilfswerk gründen. Dazu kam es nicht mehr: Am 27. Februar 1941 wurde Werner Sylten wegen angeblicher Beihilfe zu einem anonymen Flugblatt über das Elend christlicher Juden in Österreich verhaftet.

 

Im illegalen Dienst der Bekennenden Kirche | Konzentrationslagerhaft und Ermordung